全區(qū)中藥資源約2000余種,其中植物類近2000種,動物類160種,礦物類約60種。不少種類的中藥蘊(yùn)藏量較大,其中在全國占重要地位的有:肉蓯蓉(Cistanche deserticola,C. tubulosa)、鎖陽(Cynomorium songaricum)、甘草(G1ycyrrhiza uralensis,G. glabra)、麻黃(Ephedra equisetina,E. sinica)、新疆紫草(Arnebia euchroma)、阿魏( Ferula fukanensis,F(xiàn). sinkiangensis)、枸杞子(Lycium barbarum)、伊貝母(Fritillaria pallidiflora)、紅花(Carthamus tinctorius)、羅布麻(Apocynum venetum)、大葉白麻(Poacynum hendersonii,P. pictum)等,均有很大的產(chǎn)量。其他蘊(yùn)藏量較大的中藥材還有:雪荷花(Saussurea involucrata)、苦豆子( Sophora alopecuroides)、馬藺子(Iris lactea var. chinensis)、銀柴胡(Stellaria dichotoma var. lanceolata)及沙棘(Hippophae rhamnoides subsp. sinensis)等。
本區(qū)的中藥資源,需要對一些重要的野生中藥,采取人工引種栽培措施,以擴(kuò)大產(chǎn)量,如肉蓯蓉、鎖陽、阿魏、新疆紫草等。對一批珍稀瀕危的藥用動物,如賽加羚羊、馬麝等應(yīng)加強(qiáng)保護(hù)及繁殖。本區(qū)的維藥等民族藥物,具有很豐富的內(nèi)容,也應(yīng)加速研究及開發(fā)。